Brand, Pest, Not und Einquartierung im 30jährigen Krieg und in den so genannten Polackenkriege (1657 - 60 Karl des 10ten von Schweden gegen Dänemark) zogen das Städtchen stark in Mitleidenschaft. Trotz dem war die Verwaltung durch die Fürstbischöfe nie unterbrochen. Die Regierenden der Kleinstaaten, die immer von den großen, mächtigen Herrschern abhängig waren, versuchten alles, um den Schaden für Eutin so gering wie möglich zu halten.
1620 wurden Bäcker, Schuster und Schneider als die ersten Handwerkerzünfte erwähnt. Eine Feuersbrunst im Jahre 1689, verschonte auch das Schloss nicht. Der eifrige Wiederaufbau veränderte das Aussehen der Stadt, die Häuser bekamen ein städtisches Aussehen. Durch die Wahl nichtbrennbarer Baustoffe sollten solche Großfeuer verhindert werden.